به دنبال شیوع سرخجه در ایالات متحده در اواسط دهه 1960، چندین اپیدمیولوژیست افزایش نرخ اوتیسم را در میان کودکانی که مادرانشان در دوران بارداری به این ویروس مبتلا شده بودند گزارش کردند. از آن زمان، مطالعات اپیدمیولوژیک متعددی اوتیسم را با عفونت مادر، آنفولانزا و سایر عوامل بیماری‌زا مرتبط کرده‌اند. یک مطالعه بزرگ در سال 2014،عنوان می‌کند بستری‌شدن در بیمارستان به دلیل عفونت در دوران بارداری ممکن است احتمال خطر داشتن یک کودک با اختلال اوتیسم را تا 37 درصد افزایش دهد. بااین‌حال، این احتمال هنوز نیز بسیار اندک است. کریستوفر کو، استاد بازنشسته زیست روان‌شناسی در دانشگاه ویسکانسین، می‌گوید: بسیاری از عوامل بالقوه آسیب رسان که با اوتیسم نیز مرتبط هستند – مانند ژنتیک والدین یا تغذیه آن‌ها، مواجهه با محیط، سن والدین، وزن در دوران بارداری – تفسیر یافته‌های اپیدمیولوژیک را پیچیده می‌کند. بااین‌حال، آزمایش‌های آزمایشگاهی از ارتباط آشکار بین عفونت قبل از تولد و اوتیسم حمایت می‌کنند. به‌عنوان‌مثال، یک مطالعه در سال 2021 نشان داد که قراردادن موش‌های باردار در معرض مولکول‌های یک انگل معمولی، پاسخ ایمنی گسترده‌ای را فعال می‌کند و در نتیجه موش‌های جدید متولد شده، رفتارهایی شبیه به اوتیسم نشان می‌دهند و سطوح سلول‌های ایمنی تغییر می‌یابند. قرارگرفتن در معرض ترکیبات شیمیایی که ویروس‌ها یا باکتری‌ها را تقلید می‌کنند، نتایج مشابهی را در مدل‌های حیوانی به همراه داشته است. کو می‌گوید، بااین‌حال، در مطالعات روی حیوانات آزمایشگاهی ” مایل به استفاده از عفونت‌های شدیدتر یا دست‌کاری‌های تجربی هستیم که واکنش‌های التهابی بزرگی را در حیوان ماده باردار ایجاد می‌کند.” بنابراین، به‌احتمال زیاد اثرات بر روی جنین و آسیب‌هایی که پس از تولد در نوزاد حیوان درحال‌رشد باقی می‌مانند، بیشتر است. یک مطالعه در سال 2019 بر روی موش‌ها کشف کرد که قرارگرفتن در معرض عفونت قبل از تولد ممکن است فعالیت بسیاری از ژن‌های مرتبط با اوتیسم را تغییر دهد و باعث ایجاد تغییراتی در آناتومی مغز شود. این تحقیق نشان داد که یک ماده شیمیایی که شبیه عفونت آنفولانزا است، فعالیت ژن مرتبط با تولید سلول‌های جدید مغز را کاهش می‌دهد و درعین‌حال ژن‌های مرتبط با بلوغ نورون‌ها را افزایش می‌دهد. پاسخ موش باردار به عفونت می‌تواند سلول‌های ایمنی در مغز موش‌های تازه متولد شده را تغییر دهد. این سلول‌های ایمنی، یا میکروگلیا، اتصالات بین نورون‌ها را شکل می‌دهند و ممکن است به ایجاد رفتارهای شبیه اوتیسم کمک کنند.